Deniz Köken 1964 senesinde Ordu'nun Perşembe ilçesinde doğdu. İktisat Fakültesi'nden mezun oldu. Çalışma hayatına 1984 - 1988 yıllarında İstanbul Üniversitesi’nde saymanlık yaparak başladı. Bir dönem bankacılık sektöründe çalıştı.
Köken, 1994’de Eyüp Belediye Meclis Üyeliği ve İstanbul Büyükşehir Belediye Meclis Üyeliği görevlerini üstlendi. Eyüp Belediye Başkan Yardımcılığı görevine getirildi. Büyükşehir Belediye Meclisi'nde Bütçe ve Tarife Komisyonu'nda başkanlık yaptı. Antalya Büyükşehir Belediyesi Genel Sekreter Yardımcısı olarak görev aldı.
Deniz Köken, 1994-1999 yılları arasında Eyüpspor Kulübü'nde Başkanlık yaptı. 1999’da tekrar Eyüp ve Büyükşehir Belediye Meclisi'ne seçildi. Müziğe olan ilgisi sebebi ile Eyüp Musiki Vakfı Kurucu Üyeliği, Ordulu olması sebebi ile Ordulular Birliği Hizmet Vakfı Kurucu Üyeliği yaptı.
Evli ve 3 çocuk babasıdır.
Deniz Köken, 31 Mart 2019’da yapılacak olan yerel seçimlerde AK Parti’nin İstanbul Eyüpsultan Belediye Başkan Adayı oldu